东南大学苏州校友会始创于1985年，2001年9月登记为正式的社团法人。经过30多年的蓬勃发展，东南大学苏州校友会组织架构完整，校友间联系紧密，凝聚力强。
苏州校友会在分会的架构设计上进行了创新，建立了按照毕业学科和所在行业交叉融合的5个专业分会，也成立了按照所在区县划分的3个地区分会，一共8个分会：土木建筑交通分会、机电信息分会、地校分会、人文经管及海外分会、能源电气分会、吴江分会、太仓分会和常熟分会。
其中，各专业分会历史沿革和发展情况如下：
土木建筑交通分会，分会长孔祥樑，分会成立于2008年6月7日，创立以来组织了多次卓有成效的活动，扩大了校友会的影响力。分会涉及的学院和专业有建筑学院、土木工程学院、交通运输工程学院、环境工程、工程地学系和原南京交通专科学校，原南京地质学校的相关专业或者工作涉及到建筑、土木、交通、能源、环境等领域。
机电信息分会，分会长杨益农，分会成立于2007年2月，创立以来组织并参加了一系列的校友活动，在团结校友、推进校友企业和母校产学研合作方面取得了丰硕的成果。分会涉及的学院和专业有机械工程学院、信息科学与工程学院、电子科学与工程学院、自动化学院、计算机科学工程学院、生物科学医学工程学院、化学化工学院、材料科学与工程学院、仪器科学与工程学院和软件学院等相关系科。
地校分会，分会长梅秀荣，分会前身是南京地质学校苏州校友会，成立于1986年，于2010年更名为东南大学苏州校友会地校分会，目前有会员300多人，主要分布在国土、地质、测绘、规划、交通等部门和企事业单位。
在第四届苏州校友理事会召开之际，两个酝酿多年的分会正式成立。一是人文经管及海外分会，分会长徐强，分会通过各种形式的活动，加强金融、投资、法律、文化、教育界校友以及海外校友之间的联系，为校友创新创业提供专业支持，为母校发展贡献力量。涉及的学院和专业有经管学院、人文学院、外语学院、法学院、体育系等。包括在经济管理、金融、法律、文化、教育界等领域工作，或有海外工作、学习、生活的经历的广大校友。二是能源电气分会，分会长蔡云峰，涉及专业和学院有能源学院、电气学院等，也包括在电力系统、电厂、输配电、电力及能源管理等相关工作领域的广大校友。能源电气分会以其专业性强、行业垂直、领域纵深等特点吸引了多位校友的跨界加入。
