东南大学苏州校友会初创于1985年，1985年6月30日首届全会通过了《东南大学（南京工学院）苏州校友会章程》，并推荐通过了第一届理事会成员名单，其中会长1名，副会长4名，秘书长1名，理事27名，并设立了秘书联络处、科技交流服务部等工作机构。
       2001年9月27日，经江苏省苏州质量技术监督局的批准，东南大学苏州校友会成为正式的社团法人。2005年10月22日，《东南大学－苏州市人民政府全面合作协议》签署，暨东南大学苏州研究院揭牌成立，东南大学与苏州市政府战略合作伙伴关系正式确立，同时苏州校友会正式挂靠在东南大学苏州研究院。2016年9月10日，东南大学苏州校友会第四届理事会召开，会议选举产生会长1名，常务副会长1名，副会长2名，秘书长1名，副秘书长3名。苏州校友会机构设置完备，秘书处设于东南大学苏州校区。苏州校友会广泛布局“二级分会”，按照“条线化”+“板块化”的模式设立行业分会和县市分会，目前，苏州校友会设立县市级分会4个：太仓分会、昆山分会、常熟分会以及张家港分会。原吴江分会因吴江撤县设区合并进入苏州校友会。苏州校友会按照“大产业链布局”，创新性地设立了8大行业分会：土木建筑交通分会、机电信息分会、能源电气分会、人文经管及海外分会、地校分会、航专分会、医学分会、教职分会。同时，结合校友个人的兴趣爱好，成立了10大活动俱乐部：江南美食会、足球俱乐部、羽毛球俱乐部、篮球俱乐部、登山俱乐部、高尔夫俱乐部、帆船俱乐部、垂钓俱乐部、马拉松俱乐部、校友掼蛋会。