2005年10月,东南大学与苏州市人民政府签署全面合作协议,东南大学苏州研究院同时揭牌成立。自建院以来,校地共同合作,先后建成了东南大学软件学院(苏州)、东南大学国家大学科技园(苏州)、东南大学-蒙纳士大学苏州联合研究生院、东南大学-蒙纳士大学苏州联合研究院、东南大学国家技术转移(苏州)中心等机构,以及50余个多种形式的科技创新平台。2018年12月,成立东南大学苏州校区。