2005年10月，东南大学与苏州市人民政府签署全面合作协议，东南大学苏州研究院同时揭牌成立。自建院以来，校地共同合作，先后建成了东南大学软件学院（苏州）、东南大学国家大学科技园（苏州）、东南大学-蒙纳士大学苏州联合研究生院、东南大学-蒙纳士大学苏州联合研究院、东南大学国家技术转移（苏州）中心等机构，以及50余个多种形式的科技创新平台。2018年12月，成立东南大学苏州校区。